1956年著名的考古学家邹衡先生北京大学考古专业毕业后任教兰州大学一年，讲授考古学课程。1978年杜斗城先生从北京大学毕业后进入兰州大学任教，先后给本科生、硕士生、博士生讲授《考古学通论》《中国佛教史》《石窟寺考古》《敦煌学概论》《石窟寺艺术概论》《宗教学概论》等课程。
2003年设立文物与博物馆学本科专业。杜斗城教授成为首任专业负责人。主编有"普通高等教育"十一五"国家级规划教材"、国家"985"工程资助项目----考古与博物馆学系列教材《考古学通论》《文物鉴定基础(上、下)》《中国书法史略》《文物法学概论》《博物馆学概论》等。
2009年考古学成为一级学科，我校获得考古学硕士学位授权点，2011年起开始招收考古学硕士，至今已培养100多名考古学硕士生。杜斗城教授为首任学科点负责人。
2013年起，魏文斌教授继任考古学及博物馆学研究所所长，成为文博专业和考古学科负责人。积极修订本科生和研究生培养方案，完善和增加了更适合于文博专业和考古学硕士培养的课程体系和课程，《考古学概论》《中国考古学》《博物馆学概论》《博物馆陈列设计》《文化遗产概论》《田野考古学》《石窟寺考古》《丝绸之路考古专题》《科技考古》《环境考古》《文物保护概论》等成为专业必修课程。开设了全校通识课《大美西北 辉煌丝路》《世界著名艺术博物馆》《古代古玉文化》《中国古代书画》《中国传统文化》等课程，与民族学、资源环境等合作开设了跨学科课程《体质人类学》《科技考古》《环境考古》等。考古学在全校范围内得到了重视和认可，考古学成为传承中华优秀传统文化和中华文明的重要阵地。
从2014年起文博专业本科生开始单独进行田野考古调查实习，鼓励学生积极参与各种考古发掘项目。积极引进人才，截止2022年底，专业教师人数由2013年的6名增加到13名。尤其是选留和引进了4名从事动物考古、环境考古、体质人类学和文物保护方面的年轻教师（包括从日本引进的菊地大树教授），初步建立了佛教考古、丝绸之路考古、科技考古三个有特色的研究团队，为今后的发展奠定了基础。初步建立了考古学实验室，目前在榆中校区有500平米的实验室空间，购置了一些常用的考古发掘、室内整理方面的设备，通过考古调查实习采集了大量的文物标本，有约150平方米的文物库房。
2019年9月28日习近平总书记在中央政治局集体学习时强调要建设中国特色、中国风格、中国气派的考古学。
石窟寺是中华文化传承和中外文明交流互鉴的重要载体，是新时期全面建设社会主义文化强国，树立“文化自信”的重要组成部分。党中央、国务院高度重视石窟寺保护和研究工作。2019年8月，习近平总书记专程考察敦煌莫高窟，强调“敦煌文化展示了中华民族的文化自信”，要加强敦煌学研究，“推动敦煌文化研究服务共建‘一带一路’”。2020年5月，习近平总书记考察云冈石窟时指出“云冈石窟体现了中华文化的特色和中外文化交流的历史，是人类文明的瑰宝，要坚持保护第一，在保护的基础上研究利用好。”
2020年10月，国务院办公厅发布《关于加强石窟寺保护利用工作的指导意见》，明确提出了“建立完善中国石窟寺考古学研究体系，形成多学科合作研究模式，整合人文社会科学和自然科学研究力量，建设稳定的石窟寺学术科研队伍”，并要求兰州大学要与敦煌研究院合作建立以研究生教育为主的教学体系，培养石窟寺考古、数字化、保护技术等领域高素质人才。
为了贯彻落实“指导意见”，兰州大学于2021年5月8日发文成立兰州大学考古与文化遗产研究院，整合校内资源环境学院、土木工程与力学学院、化学化工学院、生命科学学院等相关资源，与甘肃省文物局、敦煌研究院、甘肃省博物馆、甘肃省文物考古研究所、甘肃省简牍博物馆共建，共建人才培养基地，挂靠在历史文化学院，为校内人文社会科学类非实体性研究机构。
目前已聘请敦煌研究院、甘肃省文物考古研究所、甘肃省博物馆10位专家为兼职教授，9位兼职教授为硕士生导师。2022年学校增加考古学学术学位硕士招收名额至16名，其中6名与共建单位联合培养。
我校考古发掘资质负责人张冬菊教授参与的夏河丹尼索瓦人研究入选2019世界十大考古发现，研究成果在《自然》杂志（Nature）在线发表。夏河县白石崖溶洞的古人类下颌骨化石距今已有16万年，是除西伯利亚阿尔泰山地区丹尼索瓦洞以外发现的首例丹尼索瓦人化石，也是目前青藏高原的最早人类活动证据。在获得中华人民共和国考古发掘团体资质后，积极申报考古发掘项目。2022年获批国家文物局主动性发掘项目“崇信丈八寺遗址”发掘，由魏文斌教授负责，获批经费128万元。于2022年7-10月份圆满完成了该年度的发掘任务，初步取得了较大的收获。同一年度获批“永登何家台遗址”（旧石器时期）发掘项目，由张东菊教授负责。
研究院成员谌文武教授、张景科教授、郭志谦讲师参与国家重点研发计划项目“多场耦合下土遗址劣化过程及保护技术研究”课题一专题2“中国土遗址病害区域特征与赋存环境关系研究”，该项目与敦煌研究院合作。研究院成员魏文斌教授、任乐乐副教授作为骨干成员参与第二期青藏科考专项任务六“人类活动与生存环境安全”之子课题“高原东缘南北走廊人类活动与技术传播”，该课题负责人为我校环境考古团队的董广辉教授。张景峰教授主持国家社科基金艺术学重大项目“丝绸之路美术史”、任乐乐副教授主持国家自然科学面上基金“仰韶文化晚期甘肃庆阳南佐遗址社会复杂化的生业基础研究”、贺乐天副教授主持自然科学基金青年项目“河湟地区4500-2500年前人群体质特征变化及其影响因素”、刘振刚副教授主持国家社科基金艺术学项目“金代佛教美术研究”等。研究院加强与省内外文博单位的合作，与四川考古院、新疆考古所、西安考古院等合作参与了安宁河流域考古发掘、新疆哈密拉甫却克墓地、西安纬零街等考古发掘实习任务，并承担了甘肃省文物考古研究所、庆阳北石窟寺文物保护研究所委托的阳关遗址调查与研究、北石窟寺第165窟考古报告等项目。近三年研究院成员承担各类项目经费总额达到1000多万元。
文化遗产研究方面，由魏文斌教授主持的“丝绸之路甘肃段石窟寺类文化遗产价值研究”顺利结项，获得良好等次。该项目最终成果已纳入“兰大文库”将由兰州大学出版社出版。该项目也成为甘肃省文物局上报国家文物局2022年度甘肃省石窟寺考古与研究的重点任务。
2022年6月11日兰州大学承办了中国文化遗产日主题论坛，6月12日考古与文化遗产研究院、敦煌研究院、敦煌学研究所联合举办了“丝绸之路高端论坛”。5月和9月分别举办了“丝绸之路考古—中日学术研讨会”、“中日青年考古论坛”。通过这些会议，一方面扩大了兰州大学的影响力，一方面加强了与国内外各学术机构的联系，为今后进一步的合作发展起到了很好的促进作用。
考古与文化遗产研究院机构：
院长：沙勇忠 苏伯民
副院长：魏文斌 郭青林 陈国科 谌文武
执行院长：魏文斌
院长助理：张景科
办公室：任乐乐 郭志谦 宋添力